Friday, December 9, 2011

birdsuite install manual ubuntu 10.04 64bit

#The installation of birsuite is a little bit tricky, but finally managed to get it installed. the installation steps goes as below.

Created at 2011.11.26
Revised at
2011.12.3 |
2011.12.6 | After upgrade R to 2.14, need to reinstall the R MULUST package by doing the following
sudo R
install.packages('mclust', dep = TRUE)

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2015.09.28 Updated
I have made a docker image to run Birdsuite,
check it out at https://github.com/psytky03/Birdsuite_with_Docker
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cd ~
mkdir birdsuite
wget http://www.broadinstitute.org/ftp/pub/mpg/birdsuite/birdsuite_executables_1.5.5.tgz
tar -zxvf birdsuite_executables_1.5.5.tgz -C birdsuite


# Install Java first
sudo add-apt-repository "deb http://archive.canonical.com/ lucid partner"
sudo apt-get update
sudo apt-get install sun-java6-jre sun-java6-plugin sun-java6-fonts
java -version

#install R
sudo apt-get install r-base-core r-base-dev

# Install Numpy
sudo apt-get install python-numpy

# Install setuptools
sudo apt-get install python-setuptools

which easy_install
# the location in my case is /usr/local/bin

cd birdsuite
sudo python install.py -e /usr/local/bin/easy_install

# will get two egg files with name birdsuite-1.0-py2.5.egg and
# mpgutils-0.7-py2.5.egg in the birdsuite directory

sudo easy_install birdsuite-1.0-py2.5.egg
sudo easy_install mpgutils-0.7-py2.5.egg


#Some error message will appear like No local packages or download links found
#for birdsuite==1.0 error: Could not find suitable distribution
#for Requirement.parse('birdsuite==1.0') It is ok to ignore this.

#make the links for the two python packages installed above to the birdsuite
#folder, otherwise birsuite.sh can not find them

sudo ln -s /usr/local/bin/* .

#It is also possible to set the install directory in the birdsuite folder directly,
#check the pdf file for #python installation.

#Here start to deal with three R packages
#The broadgap.utils_1.0.tar.gz installation give some odd error message as
#Error in parse_Rd(./man/commandLineArg.Rd", encoding = "unknown", ...) :
#Figured out the error should root from the Man document in broadgap.utils_1.0.tar.gz

#Remove the Man directory and rebuild the broadgap.utils package
tar xvfz broadgap.utils_1.0.tar.gz
cd brbroadgap.utils
rm -r man
cd ..
R CMD build broadgap.utils/


R CMD INSTALL -l ~/birdsuite  broadgap.utils_1.0.tar.gz
R CMD INSTALL -l ~/birdsuite  broadgap.cnputils_1.0.tar.gz
R CMD INSTALL -l ~/birdsuite  broadgap.canary_1.0.tar.gz

# should be OK now for R

# Install the Matlab runtime

MCRInstaller.bin -console

# set the destination to ~/birdsuite/MCR75_glnx86


# I modified the run_birdseye.sh, my system is 64 bit but the run_birdsuite still recognize
# it as 32bit.

if [[ "$machine" = "x86_64" ]]
then extension=64
else extension=64
fi

#save it

#make a link of apt-probeset-summarize.64
ln -s /usr/bin/apt-probeset-summarize apt-probeset-summarize.64

#prepare the Metadatadir and others as instucted in the manual

#Finally modify the birdsuite.sh
add --exeDir=EXEDIR --metadataDir=METADATADIR to the last line

#should be ok after all this
#please do the test run using the provided data
#Do correct me if I made any mistake or let me know if there is any better ways.
#geneticsnote#gmail.com

Friday, July 8, 2011

Perl Script to merge files

use strict;
use warnings;

my @fh=map {
     open my $fh, '<' , $_ or die "can't open '$_':$! \n "; $fh
} @ARGV;

my $l;
while (@fh){
     @fh=grep !eof $_, @fh;
     print $l=join "\t", map {chomp(my $line=<$_>);$line}@fh;
     print "\n";
}

Tuesday, March 1, 2011

M记JP的故事 (转载)

M记JP的故事(1)
杜拉拉火了以后我一直在想,人才倍出的Big 4如果有人来写写奥迪特的生活,应该也会卖座。

M记不是麦当劳,是我供职的Firm,和Big 4干的活儿基本一样,不同的是,M记在中国是Second tier的Firm,客户群也相对固定,只做欧洲企业。

今天要说的是一个叫Fast的同事,Fast不是他的本名,也不是英文名。甫入公司的时候,我以为是他开底稿速度快而得此昵称,直至和A2们混熟之后才知道典故的由来。原来Fast同学刚入公司的时候,有过一年local所经验,且CPA已过了3门,于是他逢人便说,等明年我过了CPA就可以Fast Promotion。和Big 4一样,我们也是一年一升level的,只是公司历史上曾经有位82年生姑娘半年一升,在3年半之内跨入Manager的行列,被称为M记的传奇。我曾一睹该Manager casting一份报告的风采,那感觉她不fast promo简直天理难容。

当然Fast同学没有这么幸运,他虽然过了CPA,却不仅没有fast promo,还被delay了一年,直到我follow过他的底稿之后终于明白,原来他老兄一直是拿中文开底稿的。M记虽然是Second tier的Firm,对底稿quality的要求还是灰常高的,且客户的FM或者CFO大都是老外,所以我们present的document都必须是英文或者法文的。传言当年refer这位同学的Manager曾经请公司其他M吃饭以谢罪,这已是后话。Fast被delay之后并没有意志消沉,他仍将自己按高一个level的奥迪特看待。某次在电梯里,他对某下一届的同事说,等我做到In charge的时候我会book你做项目。未料到,那同事回给他一句,我永远和你同level,一电梯的同事使劲憋住没笑出声来。

Fast同学的人生理想就是考过CPA,CTA和CPV,在三证到手之后,他觉得就可以找女朋友了。他找女朋友的标准相当高,上海TOP5的学校本科生,还要是美女,且要崇拜他。后来我们总结出来,适合他的女人必须具备以下特点:美,热爱CPA且万年考不过。

当然Fast也是男人,美始终是第一位的。公司曾经有个前台小妹是美女一枚,公司众男同胞为之倾倒,Fast也不例外。某日加班,Fast发现美女上晚班到7点多还没吃晚饭,遂至楼下便利店买了一包饼干送上。这本是贴心的举动,结果Fast同学掏出发票贴起来报了OT,众人厥倒。。。

在报销这件事情上,Fast素来公私分明,今年冬天去长春盘点,他买了总价值18元的暖宝宝,贴上发票,在费用报销单的others一栏写上“抗寒物资”,Manager签字的时候看着如此professional的描述直接笑翻从椅子上摔下来。最近的一个项目,他发询证函的10块钱发票没了,找同事借,并承诺只要别人肯借1元发票,日后定以10元发票奉还,该同事直接昏倒。。。

Fast也一直关心同事们的CPA进程。去年9月考CPA之前no pay期间我被拉回公司和他同做一个项目,顺便赚点工钱,Fast语重心长地对我说,小姑娘不要只看眼前利益,眼光放得长远一点,把CPA考过公司发5K的bonus呢,我顿时石化。。。今年CPA发榜,Fast拉住某小朋友就说,你要经常和我交流,你看某LB同学就是因为经常和我一起做项目,他今年CPA就过了一门呢,附近所有人一起石化。。。

在如此乏味的奥迪特生活中,有这样的JP来丰富我们的人生,也是难能可贵的呢。

M记JP的故事(2)

Fast的故事看来颇受欢迎啊,今天继续……
 
这世界上有很多人存在自我认知障碍,话说Fast就是其中一位。想当年Fast当A1的时候是和某Manager同一天入职,Manager非常低调地坐在open area一个角落里,Fast一看到人就握手,说大家做audit辛苦了。被握手的人十分莫名,一度公司同事都认为新来的Manager是他,直到真相大白。。。
 
还有一次Fast和全组level都比他高的同事一起出项目,他居然跟一A3说,你去帮我把这个复印一下吧,该A3姐姐瞠目结舌。
 
家丑也就罢了,2月的时候和他同出一个JOB,某全球500强的企业,下班的时候刚巧和客户的财务经理同搭一趟电梯,Fast用手拍拍财务经理的肩膀,来了一句“XXX啊,你今年干的很不错啊~~”顿时那财务经理脸色刷白,我拎着本本恨不得找个地洞钻下去。
 
和Fast同出一个项目,姑娘们顶多也就是心灵上受点摧残,小R遭受的是身心上的双重摧残。有一回在吴江,客户cost saving,让小R和Fast住在一个房间,小R胖了点儿,晚上睡觉难免会打呼噜,Fast由于效率原因每晚加班至很晚,每每听到小R开始打呼噜,就冲过去把他推醒,一晚N次。于是,大家每天看到的,就是小R不停地打哈欠,硬睁着困倦的眼睛,在客户那里干活。后来只要小R遇到和Fast一起的项目,在Manager面前怎么威逼利诱都宁死不从。
 
Follow Fast的底稿是一件很好玩的事情,摘录最近的一段他写的notes以飨读者:“我向成本会计XXX索要存货跌价准备的计算表,但是她不在,于是我又向坐在她旁边的另一个会计XXX要了一张计算表 blablabla……”据说SIC看到这段的时候差点喷饭……
 
Fast更有教导小朋友们的名言,不要交那些只和你吃吃喝喝的朋友,要交那些真心的朋友,那些会在你来不及vouching,在你需要催询证函,在你casting报告的时候向你伸出援手的朋友。
 
话说他这么JP为什么能持久地在M记做下去,是因为他有CPA,而继续追问他是怎么考出CPA来的,那是一个更加经典的故事。Fast出生于一个CPA世家,爹妈都是CPA,且他爹是某Local所的Par。早在Fast同学刚上大学还没有达到考CPA条件的时候,他爹就给他办了一张假工作证,于是年复一年,日复一日,Fast同学经历了N年抗战,终于在2010年拿下了他人生的第一个目标。(Fast还曾因CET-4不及格而延迟毕业一年)
 
Fast同学一向以Par为人生终极目标,JP的故事覆盖公司所有level,甚至成为ADM们茶余饭后的谈资。一个人,即便不能流芳百世,至少他能成为全公司的话题,从这一点来讲Fast无疑是一位成功人士。

Saturday, February 5, 2011

球殇(转载)

中国队输了,基本已经远离了2010年南非世界杯,因为我不信中国最后一场能客场战胜袋鼠,甚至下一场能否赢伊拉克都是问题。刚才一算2014年巴西世界杯我都29岁了,或许对足球早已失去兴趣了。

任何历史都是当代史,比赛输的一如既往的窝囊。中国足球老是这幅德行,从未轰轰烈烈的死过,也没堂堂正正的活过,总让人感觉像吃了个苍蝇,一边恶心着,一边还安慰着,没关系,里头有蛋白质。我突然感到中国足球也有它伟大的地方。冯仑在野蛮生长里写过,伟大是时间的函数,随着时间的推移决定这件事的价值。例如:端着杯子喝水是正常行为,连喝50个小时叫行为艺术,如果这个动作保持5000小时,就成了雕塑,拉根绳子,子孙后代就能卖票挣钱了。能像中国足球这样十几年如一日的保持一副窝囊相,离伟大也真的不远了。对于比赛的过程无需重述,经常看中国足球的人大概都能想象,有机会抓不住,莫名其妙的丢一个球,然后状态时好时坏,最后越来越急,再也无力翻身。这就是中国足球。

我看国足看了10多年了,今天才有点明白过来它的本质,中国足球就是由同一个导演指导,由不同的演员出演的,主题亘古不变的一出闹剧。一个悲惨的故事发生一次,可以理解为悲剧,发生二到三次,可以理解为喜剧,如果朝着N次的方向一路迅跑,那就是个闹剧了。

11年以前,1997年,中国队主场2:3输给卡塔尔,大连金州体育场内,球迷久久不远离去,含着泪水在寒风中矗立,沉默无言,那幅照片一直留在我脑海里,非常感人。彼时8848的老板王峻涛用老榕的笔名,写下了一篇不朽的球评《大连金州没有眼泪》。可现在呢,不会有人写了,哀莫大于心死在这里得到了最好的诠释。中国足球的基础早已崩溃,被腐朽掉的已经不仅是肌体,还有灵魂。我们英明神武千秋万代一统江湖的足协领导眯着眼睛大谈人民足球,看起来很恶搞,很行为艺术,就像一哥们穿了身长袍马褂,右手举了个伊利火炬,左手夹着本花花公子,袒胸露乳的大吼着政治引导足球。帮帮忙好吧,人民早已被美轮美奂的NBA给劫走了,您还在这一边YY一边过家家呢。

我刚才跟小汤说中国足球就是这个社会的缩影。一片乱糟糟的,没有信仰,没有方向。中国足球到目前还没整明白自己到底想要靠什么吃饭,技术?力量?战术?什么都想靠的结果就是什么都靠不住,那叫不靠谱。不尊从客观规律,领导们整天搞赛诗会,演讲会,微笑着搞发明创造,他们就像创造出城市农村二元经济体制一样弄出个国家队国奥队的二元足球体制,以及国奥队地位高于国家队这么个前无古人估计也后无来者的伟大设想来。不尊重技术和人才,中国足球很常见的新闻就是领导和教练、队员谈心,交流思想,交流业务,谈技战术的指挥,那认真的样子很像在玩真人版的足球经理。这倒不光是足球的专利,只要你稍微留神就会发现社会的其他角落也在上演着同样的戏剧冲突,比如院长和教授的PK,又比如电影总局领导和某导演的对抗,甚至还有红十字会领导和志愿者之间的龃龉。

中国足球就是这么拧巴,一点都不单纯,所以很难给人快乐。JAMIE一语中的,中国足球和足球的区别,就是狗尾巴花和花尾巴狗的区别。所以现在我看它,已经有点类似于马戏团看马戏,动物园看猴戏的感觉。只是觉得球员太可怜,尽管努力,却没成效,还要为领导顶雷,最后在叫骂以及指责声中蹉跎了岁月,耗费了青春,凄惨的结束了职业生涯。

如果你爱一个人,让他去搞中国足球吧,那比天堂还天堂。

如果你恨一个人,让他去搞中国足球吧,那比地狱还地狱。